EC-CUBE2.1.2の「CSV出力設定」−「高度な設定」において、SQLに基づいてCSVを出力する機能にて、CSVの改行コードが\nのみになっているようです。
　その他の既定のCSV出力については
http://svn.ec-cube.net/open_trac/ticket/148
にて修正されているようなのですが、こちらの方は未修正のようなので報告させて頂きます。
手元のコードでは、data\class\pages\admin\contents\LC_Page_Admin_Contents_CsvSql.phpのlfGetCSVData関数の、
$return .= "\n";
を
$return .= "\r\n";
に変更、及び同ソースの152行目、
$header .= "\n";
を
$header .= "\r\n";
として対応できました。