▼テンプレート
[EC-CUBE] 4系
[レンタルサーバ] codeserver
[OS] 使用しているOS名、バージョン
[PHP] 7.4
[データベース] maria
[WEBサーバ] 使用しているWEBサーバ名、バージョン
[ブラウザ] 使用しているブラウザ名、バージョン
[導入プラグインの有無] あれば導入プラグインを記載
[カスタマイズの有無] あればカスタマイズ内容を記載(できるだけ具体的に)
[現象]

サイトが改ざんされました。
サーバー内のすべてのサイトが改ざんされ、サーバー会社のサポート担当から、ファイルを全て削除し、バックアップしてあるファイルをアップするようにとのアドバイスがありました。

ここで質問させてください。現在のEC-CUBEはブラウザ経由でインストールしたのですが、単純にバックアップファイルをアップするだけで問題ないのでしょうか？パーミッションとか設定し直す場所などはあったりするのでしょうか？

お忙しい中恐れ入りますが、アップロードする際の注意点をお聞かせいただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。