EC-CUBE 4.2.3

プラグインのインストールやアップデートでシステムエラーが発生してしまいます。
調査したところ、カスタマイズしている他のプラグインのソースがカスタマイズ前の状態に戻されてしまい、必要なファイルがないためにエラーになっていました。

例えば、クーポンPROプラグインにフラグを追加している状態で、
app/Plugin/CouponPro42/Entity/ProductTrait.php

EC-CUBEペイメントPlus決済プラグインをインストールしようとすると、インストール途中でエラーになります。
PHP Fatal error: Trait "Plugin\CouponPro42\Entity\ProductTrait" not found in /app/proxy/entity/src/Eccube/Entity/Product.php on line 29

他のプラグインでも同様の問題が発生してしまいます。

カスタマイズしたプラグインのソースがリセットされることなく、他のプラグインをインストールする方法はあるでしょうか？