商品規格1や規格2を登録している商品を、管理画面の新規受注入力から「商品の追加」から登録するとエラーが発生する。
この問題は下記の修正で直ると思います。

EC-CUBE 2.11
/data/Smarty/templates/admin/order/product_select.tpl

106行目辺り
function fnCheckStock(form) {
product_id = form.product_id.value;
classcat_id1 = form.classcategory_id1.value;
classcat_id2 = form.classcategory_id2 ? form.classcategory_id2.value : 0;
classcat2 = productsClassCategories[product_id][classcat_id1]['#' + classcat_id2];
// 商品規格
eleDynamic = document.getElementById('product_class_id' + product_id);
if (
classcat2
&& typeof classcat2.product_class_id != 'undefined'
&& String(classcat2.product_class_id).length >= 1
) {
eleDynamic.value = classcat2.product_class_id;
} else {
eleDynamic.value = ''
}
}
誤
classcat_id2 = form.classcategory_id2 ? form.classcategory_id2.value : 0;
→
正
classcat_id2 = form.classcategory_id2 ? form.classcategory_id2.value : '';

解説
productsClassCategories[product_id][classcat_id1]['#0']という変数は無く、正しくはproductsClassCategories[product_id][classcat_id1]['#']