EC-CUBE 3.0.10をロリポップ・レンタルサーバーにインストール後、新規に追加したページのURLから「user_data」を隠すために、
このフォーラムの
http://xoops.ec-cube.net/modules/newbb/viewtopic.php?topic_id=16476&forum=5
で紹介されている方法を参考に、
「/src/Eccube/ControllerProvider」にあるFrontControllerProvider.php をカスタマイズしました。

すると、たしかに「user_data」が省略された状態のURLでページを表示できるのですが…

「新規会員登録（/html/entry)」をクリックすると、
『ページがみつかりません。URLに間違いがないかご確認ください。トップページへ』
と表示され、先に進めません。

ちなみに、あらかじめ（「user_data」を隠す処理以前に）会員登録しておいた情報で「ログイン」することはできます。
しかしログイン後、
・カート（/htm/cart）
・マイページ（/htm/maypage）
・お問合せ（/htm/cntact）
など、「/htm/」直下のアドレスにアクセスすると、やはり同じようにページが見つかりません。

ただし、
・お気に入り（/html/mypage/favorite）
・当サイトについて（/html/help/about）
・プライバシーポリシー（/html/help/privacy）
などの、「/htm/」のもう一つ下層のアドレスはきちんと表示されます。


なお、PHPのバージョンは、ロリポップ上では「５.６（モジュール版）」となっています。
EC-CUBEは、ロリポップ上で設定しているサブドメインのディレクトリにインストールしました（自動インストールでない）。
インストール時に表示された警告などは、最初の「APC 拡張モジュールが有効になっていません」だけでした。

追記(2016/09/05)：その後ロリポップの自動インストール「簡単インストール」も試しましたが、この現象は同じく発生しています。

考えられる原因や対策がありますでしょうか。