[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョン　4.0.5
[レンタルサーバ] AWS　EC2
[OS] MacOS Monterey 12.6.7
[PHP] PHP Version 7.4.11
[データベース] MySQL 5.7
[現象] 「StockMultipleValidator.php」のカスタマイズにて、在庫数以上の商品を購入しようとした場合、
配布数（quantity）を在庫数に変更してエラーを出さず続行するという処理に変更しようとしていいます。

その際に、setQuantityで該当の商品の配布数を変更し、
処理の最後にentityManager->flush()でDBへの永続化をしようとしているのですが、
購入完了後に orderitem のテーブルを確認すると、配布数が変更されていないことがわかりました。

どのようにすれば永続化が正しく行われるでしょうか？
勉強不足で大変恐縮ですが、ご教示いただけましたら幸いです。

※setQuantityの前後でログ出力をして、
OrderItemエンティティ内でquantityが変更されていることは確認しました。

-----------ソースコード-----------
foreach ($OrderItemsByProductClass as $id => $Items) {
/** @var ProductClass $ProductClass */
$ProductClass = $this->productClassRepository->find($id);
if ($ProductClass->isStockUnlimited()) {
continue;
}
$stock = $ProductClass->getStock();

$isZero = false;
$isZeroBonus = false;
if ($stock == 0) {
foreach ($Items as $Item) {
$Item->setQuantity($stock);
if ($Item->isBonus()) {
$isZeroBonus = true;
} else {
$isZero = true;
}
}
if ($isZero) {
$this->throwInvalidItemException('front.shopping.out_of_stock_zero', $ProductClass, true);
} elseif ($isZeroBonus) {
continue;
}
}
$isOver = false;
$isOverBonus = false;
foreach ($Items as $Item) {
if ($stock - $Item->getQuantity() >= 0) {
$stock = $stock - $Item->getQuantity();
} else {
$Item->setQuantity($stock);
$stock = 0;
if ($Item->isBonus()) {
$isOverBonus = true;
} else {
$isOver = true;
}
}
}
if ($isOver) {
$this->throwInvalidItemException('front.shopping.out_of_stock', $ProductClass, true);
} elseif ($isOverBonus) {
//nothing
}
$Items->entityManager->flush();
}
-----------ソースコード-----------