問題と思われる箇所を見つけましたので、ご報告いたします。
(確認バージョン 2.11.4)

1. 会員登録をせずに購入手続きを進め、途中でログインブロックから
ログインして買い物を完了させた場合、非会員での買い物として
扱われるようです。
受注履歴や受注受付メールは非会員として入力した名前・住所に
なっており、注文履歴も残りません。

dtb_order_tempに、非会員の住所が登録されると、
会員情報で更新するタイミングがないためだと思います。
（saveOrderTemp()では、既にレコードがあるときには会員情報で
updateすることはない）

また、この場合お届け先の情報についてはどうすることもできない
ように思います。ご入力内容のご確認画面でお届け先が表示されるので
実害はないかもしれませんか。

----------
2. 買い物途中でログインし、カート画面からやりなおした場合には、
会員IDは正しく登録されるので、注文履歴などは残りますが、
受注情報には、非会員として入力した名前・住所が記録されます。

こちらの原因は、LC_Page_Shopping_Deliv::registerDeliv()で、
saveOrderTempコール時に「order_...」の情報を渡すべきところで
「shipping_...」を渡しているためだと思われます。
（なお、別のお届け先がチェックされている場合には、
会員住所ではなくお届け先住所が渡されているように見えます）