2.4.3で同じ症状で困っていたので、下記の通り修正しました。


data/class/pages/admin/total/LC_Page_Admin_Total.phpの156行目付近に下記の4行を追加

$objQuery = new SC_Query();
$objQuery->delete("dtb_bat_order_daily");
$objQuery->delete("dtb_bat_order_daily_age");
$objQuery->delete("dtb_bat_order_daily_hour");


wadaxサーバーの共用サーバープラン
プロフェッショナル　ビジネスのブロンズで
EC-CUBEを使っているのですが、
上記の修正をした所、集計の動作がかなり重くなりました。

でも、タイムオーバーにはならなかったので使える状態ではあります。
パフォーマンスの悪いサーバーを使用されている方はご注意ください。