返信遅れまして申し訳ありません。

現象の発生についてですが、以下の条件にて発生しています。
（使用する商品はEC-CUBEのデフォルト商品になります）

１．お買い物ポイントを100ポイント所持している会員でログインします。

２．「食品」カテゴリの「おなべ」を１つ、買い物かごに入れます。
　本体価格1,650円、税込価格1,733円です。
　（ポイント率は10％）

３．買い物を進めて、使用ポイントを100ポイントにします。

４．最終確認画面で、今回加算予定ポイントが+164Ptになっています。
　※本体価格1,650円の10％は165ポイントです。

５．念のため、戻るボタンで１画面戻り、使用ポイントを99ポイントにして最終確認画面に進むと、+165Ptになります。
　※こちらは計算がうまくできている模様。

以上、ご確認をお願いいたします。

------追記------

使用ポイントが100ポイント以上だと、1ポイント不足するようです。