はじめまして。kedamaと申します。
私の環境でも、本スレッドと同様加算ポイントでの不具合が発生いたしました。

EC-CUBEバージョン：　2.12.2

＜現象＞
商品価格：455円
商品ポイント付与率：10%
店舗ポイント付与率：1%
購入時のポイント使用：455pt
ポイント還元：1pt＝1円

上記の条件にて購入すると、加算ポイントが「41pt」となりました。

shutta様が以下チケットにて調査いただいた、現在のEC-CUBEの加算ポイント算出仕様ですと、確かに「41pt」ではあるのですが、ポイントを全て使用して購入しているのですから、使用ポイントを考慮して加算ポイントを算出するのであれば、「0pt」が正しい値であると思います。

引用：

カートへ入る商品がかならず1つである場合や、どの商品も同じポイント付与率であれば、SC_Helper_Ex::sfGetAddPointからSC_Utils_Ex::sfGetAddPointを呼び出すときのポイント付与率を店舗のポイント付与率から商品のポイント付与率へ変更すればよいのでしょうが、複数商品にそれぞれ違うポイント付与率が設定される場合はこの方法では計算がおかしくなってしまいます。

そのため現状では店舗のポイント付与率を使用ポイントの利率計算に使用されているのかもしれませんが、そもそもこの考え方が違うような気がします。

加算ポイント算出時に、使用ポイント分を減らすのであれば、商品の加算ポイントを集計してから使用ポイントを減算するのではなく、商品ごとに使用ポイントを考慮した計算にする必要があると思います。

上記対応が難しいのであれば、逆に加算ポイント算出時は使用ポイントを考慮しないようにしていただきたいです。

ご検討よろしくお願いいたします。