再び（横から入ってきた）ゲストです。
とりあえず回避できたようで、よかったですね。（注文のメールで改行がなくなると、目も当てられない状態になりますよね。。。）

”管理者に届く送信完了のメール”とは、メルマガ送信完了時に送られるメールですよね。
あれは（メルマガがテキストメールであるかHTMLメールであるかにかかわらず）HTMLメールとして送信されるようです（※）。
処理としては今回１行入れていただいたfunctionのすぐ下にある function sendHtmlMail のほうが実行されていると思います。
私はHTMLメールを扱ったことがないので、こちらについては”・・・？”です。よければ、ためしてみてください。

※この辺の処理はhtml/admin/mail/sendmail.phpを見るとわかります。

今、ラピッドで動かしている方でどうなるか試してみたのですが、Outlookでもちゃんと改行されてました（ラピッドのほうはスクリプト変えていません）。
- ラピッドで動かしているEC-CUBEは1.3.1a
- XREAで動かしているEC-CUBEは1.3.4
という違いはあるのですが、多分この辺の処理は変わっていないと思います（ということで、やはりこの現象はサーバによるようです）。

補足：追加した１行は改行コードをLFに統一する、という処理なので、テンプレートの改行がLFであれば、問題は発生しないのかもしれません。