イプシロンカスタマーサポートから回答がきましたので、少し長くなりますが引用します。
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お問合せいただきました件、
恐れ入りますが、ポイント消化につきましては
貴社にて設定を行なっていただき、ポイント消化後の金額を
弊社にお送りいただいているかと存じます。

弊社では決済サービスのみを提供させていただいておりますので、
貴社よりお送りいただいた決済金額にて決済を実施しております。

また、EC-CUBEの決済モジュールは
弊社にて提供しているサービスではございませんので
仕様等についても弊社ではご案内いたしかねます。

恐縮でございますが、お問合わせについて
弊社ではお答えいたしかねますので、
再度フォーラムサイト等でご確認いただきますようお願いいたします。
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何かまるで人ごとのような回答ですが、それではこの決済モジュールについてはどこに問い合わせれば良いのでしょうか。

イプシロンサポートが言うのも素人考えでは納得できなくもありません。つまりクレジット決済では購入直後EC-CUBEがポイントを引いてその金額を決済モジュールに渡し、EC-CUBEは保有ポイントから使用ポイントを減算する。その後決済モジュールからNGが返った場合はEC-CUBE側の処理でポイント減算を戻す、と。その戻す部分は現在実装されて居るかどうか私自身は不明ですが。
（決済モジュールはポイント処理とは無関係だとすると、後はEC-CUBE側の処理の問題ということになります。）

それで、通常は問題ないはずですので、ではどういう条件の時にこのようになるかということですが、もし「イプシロン決済モジュールはポイントを引いたままに必ずなりそうな実装」ですと3回目の購入では確実に保有ポイントは０になっていなければならないかと思うのですが、どういうカラクリでポイントが使えてしまったのでしょう？
また、どちらかというと保有ポイントが０のままで、AMUAMU様のお話からポイントは使えないほうの可能性が高いように思うのですが。

再度よろしくお願いいたします。