いろいろ方法が考えられそうですね。

各カテゴリを「タイプ別に選ぶ」と「メーカー別に選ぶ」という大カテゴリにぶら下げるように登録すれば、
「タイプ別に選ぶ」を親カテゴリとするツリーだけ、あるいは「メーカー別に選ぶ」を親カテゴリとするツリーだけ、
表示するといったことが可能かと思います。

また、各カテゴリに、カテゴリ種類を区別するための新規フラグ（タイプ別の場合 "1" 、メーカー別の場合 "2" など）を設けて、
ループ内でif文を使って、フィルタをかけるのもありかなと思います。

また、2.12.1であれば、各商品でメーカー登録ができますので、メーカー一覧カテゴリを自力で作成するのも手です。

アイデアレベルで申し訳ないです。