該当の部分はFPDIでPDF構造に関わるデータを読み出す部分だと思います。
EC-CUBEに直接関係が無さそうな部分でFPDIの挙動に関する部分なのですが、デバッグ出力の内容的に本来は$c->bufferには構造に関する部分へのポインタがセットされるはずが、ズレているということになります。
ポインタがずれる原因はいくつか考えられますが以下のパターンのいずれかの可能性が高いです。

(1)どの注文データでも必ず起こる場合 その１
元となるPDFファイル（標準では nouhinsyo1.pdf)が壊れている可能性が高いです
この壊れる症状が起きやすいのはFTPでファイルアップロードして、ASCIIモードで転送してしまった場合です。
FTPソフトによっては、PDFファイルを間違ってASCIIモードでアップロードしてしまいます。
PDFファイルはバイナリモードでアップロードする必要があるので、転送モードを確認の上、アップロードし直すと直ると思います。

(2)どの注文データでも必ず起こる場合　その２
カスタマイズをしていて、元となるPDFファイルのファイル名に日本語を使っている場合、環境によって生じる場合があります。
この場合は英文字だけのファイル名でPDFファイルの指定をして下さい。(念のため日本語ファイル名でPDFファイル自体を作成した場合は、英文字で作ったほうが良いかもしれません）

(3)特定のいくつかの注文データだけで起こる場合
正常にPDFが出力出来る場合もある時は、PDFファイルの中または受注データの中に機種依存文字やUTF-8でしか表現出来ない文字が入っている場合があるとポインタが正常に掴めなくなり異常データになる場合があります。

受注データ、ショップの名前データ等PDFファイルに出力する可能性があるデータ部分に機種依存文字や外字などを利用していないか、カスタマイズしていてPDFファイルに何らかの日本語を入れている場合は該当するような文字が無いか確認されると良いと思います。

何れの場合でも無く再発する場合、環境と言うより元としようとしているPDFファイルとFPDIの間で、何かしらの不具合に当たっている可能性があるためEC-CUBEでフォロー出来る可能性は低いかもしれません。

また、ほぼ同様のAmazon EC2環境で標準状態のEC-CUBEでは再現しませんでした。

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