今更返答です。

最終的に送料を決定しているのは

html/shopping/confirm.php

ですが、そこでプログラムでカート内の商品を判断し、キャンペーン以外の商品が入っていたら送料を無料にしない処理を書かないといけないと思います。
（「キャンペーンからの遷移で送料が無料だった場合の処理」とコメントがある部分）

Ver 1.4 のキャンペーンは細かいところで色々問題があるので（キャンペーンで検索すれば色々出ます）、プログラムを変更する自信がないなら、当機能を使うことはオススメできないですね。