使ったことのない部分なので best_id や rank の意味が、イマイチよくわかりませんが。

v2.12.5の場合
　　「この内容で登録する」
　　LC_Page_Admin_Contents_Recommend.php
　　　　入力チェック
　　　　内部関数 insertRecommendProduct 実行
　　　　　　　　内部関数 deleteProduct 実行
　　　　　　　　　　dtb_best_productsの該当rankのレコード削除
　　　　　　　　dtb_best_productsへレコード挿入（上記のrankで）

v2.13.0の場合
　　「この内容で登録する」
　　LC_Page_Admin_Contents_Recommend.php
　　　　入力チェック
　　　　内部関数 insertRecommendProduct 実行
　　　　　　　　内部関数 deleteProduct 実行
　　　　　　　　　　関数 deleteBestProducts（SC_Helper_BestProducts.php） 実行
　　　　　　　　　　　　// ランク付きレコードの削除
　　　　　　　　　　　　関数 sfDeleteRankRecord（SC_Helper_DB.php） 実行
　　　　　　　　　　　　　　dtb_best_productsの該当best_idのレコード削除

以下の処理が追加されています。

コメントが、？なのですが。

　　　　　　　　関数 saveBestProducts（SC_Helper_BestProducts.php） 実行
　　　　　　　　　　dtb_best_productsへレコード挿入

と、ま〜こんなところです。

追記：
ランク付きレコードの削除は、数カ所で使っているようです。
ただ、これらは、「削除」として機能しています。
今回の場合、「削除」も存在していますが、
商品を一度登録したあと（「更新」）の場合も、「削除」「挿入」で実現していました。
そのため、「削除」にある「ランクをずらす」が無条件に実行されているようです。

再追記：
商品を選択直後（dtb_best_productsにまだ登録されていない状態）でも、「削除」「挿入」を行っている。
つまり、dtb_best_productsに登録・未登録関係なしに、「削除」「挿入」を行っている。

"best_id"がない場合：挿入
"best_id"がある場合：削除（上記不都合のない）・挿入又は更新
と、使い分けた方が、後々良いのでは。