こちらの原因は、複数配送でない場合であっても、
setProductsQuantityが実行されるため、動作不良になっていると思います。

実行すべきかどうかの判断は、
・複数配送（システムパラメタ）の設定で、判断して良いのか
・配送先の件数で、判断して良いのか
この点については、確認していません。

追記：
配送先の件数で、判断してなければならないようです。
$objFormParam->getValue('shipping_quantity') > 1のとき、複数配送
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　以外のとき、お届け先１口
関数 setProductsQuantity 内で判断するなら、
count($arrShipmentsItems) > 1

再追記：
複数配送の場合、
各お届け先の数量を合計して、受注商品情報の数量に反映している。
複数配送でない場合、
逆に、受注商品情報の数量を、お届け先の数量にコピーする必要があると思う。
理由：
edit.tplに、複数配送でない場合、
「配送先が１つでも、shipment_itemを更新するために必要」
というコメントがあり、コピーする必要があるのでは。