既に実施されているとは思いますが、以下を試してみてください。

１．パラメータ設定の「USER_DEF_PHP_REALFILE」の内容を「DATA_REALDIR . "__default.php"」にしてください。

２．ダウンロードしてきた2.13系EC-CUBEの「data/__default.php」を同じフォルダにアップロードしてください。
　※html/user_data/__default.php にではありません。

３．上記でダメでしたら、html/user_data/__default.php の方を置き換えてみてください。

１，２で改善できず、３を実施してうまくいった場合には、
パラメータ関連のバージョンアップに失敗している可能性があります。

パラメータ設定画面の設定内容と、data/cache/mtb_constants.php の内容が
一致しているか確認した方がよいと思います。

内容が一致しておらず、パラメータ設定画面の「この内容で登録する」を一度も
押したことがないようでしたら、一度クリックすれば反映されるはずです。