EC-CUBEを使わせていただこうと思い、勉強しております。

http://wiki.ec-cube.net/index.php?%B6%A6%C4%CC%2F%AD%B7_%A5%AB%A5%B9%A5%BF%A5%DE%A5%A4%A5%BA%2F02_%A5%D5%A5%A1%A5%A4%A5%EB%B9%BD%C0%AE
にてファイル構成を見ていると、/dataと、/htmlがどのような役割を果たしているのかがわかりません。
/data/Smarty/template/以下と、
/html/install/user_data/templates/default1/
/html/install/user_data/templates/default1/mypage/
/html/mypage
等、似たようなファイルがいくつも存在しています。
また、/data/Smarty/template以下を編集して見た目を変えているのですが、
/html/user_data/packages/[テンプレート]に、テンプレートと同名のファイルを置くとこちらが優先的に使用されるなど、
ファイル構成や、動作原理がよく理解できません。

マニュアルを色々と見てみたのですが(公式のEC-CUBE本も含む)、そのようなことが書いていないように思います。
動作原理や、ファイル構成を教えていただけないでしょうか？
また、そのような記述があればマニュアルの場所も教えていただきたく思います。

EC-CUBE: 2.0.1