説明が下手ですみません。
下記の手順ではどうでしょう。

一度、SC_DbConn.php に書き込んだ62行目をコメントし、

// $this->conn->query("SET NAMES ujis");

そのまま一度最後までインストールして終了します。
そして、再度同じデータベースへインストーラーを起動して、
インストールを開始します。

再度、■データベースの設定 の画面が表示されたときに、

コメントをはずした SC_DbConn.php をアップロードして、
次へ進みます。

■データベースの初期化 の画面になりますので、次へ進むと、

引用：

とエラーが出てくると思いますので、
既存のデータをすべて削除する というボタンを押して次へ進みます。

引用：

と表示されます。

その後はそのまま最後まで最初にインストールした順序で進めて終了します。

そうした場合はどういう状態になるでしょうか？