私も初心者なので要領を得なくて申し訳ありません。

肝心なところを見落としていましたが、2.0.1正式版のお話ですよね。
だとすると、Ver.2.x版よりUTF8のフォーマットになっていますので、
データベースもUTF8で設定する必要がありますし、php.iniもそのように
変える必要があると思います。

先の方が引用されているXbitのインストール説明の下記の文章
http://wiki.ec-cube.net/index.php?%A4%BD%A4%CE%C2%BE%2FEC-CUBE%A4%AC%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB%A4%C7%A4%AD%A4%EB%A5%DB%A5%B9%A5%C6%A5%A3%A5%F3%A5%B0%A5%B5%A1%BC%A5%D3%A5%B9%2F02_%B8%A1%BE%DA%A5%DB%A5%B9%A5%C6%A5%A3%A5%F3%A5%B0%A5%B5%A1%BC%A5%D3%A5%B9%2FXbit%A4%D8%A4%CE%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB%CA%FD%CB%A1
引用：

という事ですので、明示的に utf8 にすれば良いように思います。

// $this->conn->query("SET NAMES utf8");

として、再度同じ手順でされるとどうなりますか。

それから、後のエラーは権限がないのでファイルが開けないように思えるのですが。
パーミッションのほうはどうなっていますか。