再度、途中経過を見てみました。
商品追加までは良いのですが、商品を変更すると、
受注情報（order側）は、順序が変化します。
お届け先（shippment側）は、順序が変化していないようです。
そのため、並び順に不一致を起こしていることが原因のようです。

追記：

商品を変更（'select_product_detail'）した場合、
　　関数doRegisterProduct内
　　　　関数shipmentEditProduct内
　　　　　　お届け先の商品情報（shipmment側）は、上書きによって変更される。（関数changeShipmentProducts）
　　　　　　受注情報（order側）は、変更後の商品（新規のとき）を後ろに追加する。（関数checkInsertOrderProducts）
　　　　　　受注情報（order側）の変更前の商品（不要なとき）を削除する。（関数checkDeleteProducts）

※注　ここで、各配列内の順序が違ってくる。
shipmment側は、更新により、変更を実現している。
order側は、追加・削除により、変更を実現している。


たぶん、私案として提示していた処理は、画面表示直前に、order側とshipmment側を付き合わせていたのでこの不一致にならなかったものと思われます。


再追記：
原因は上記の通りです。
発生条件は、
（１）受注条件
　（a）お届け先が１口
　（b）商品が２品以上（商品数を n 品とする）
（２）管理画面：受注編集の操作
　（a）1 ~ (n-1) 番目にある商品を新規の商品に変更（変更した商品を m 番目とする）
　（b）m ~ n 番目の商品を削除