確かに良く考えると仰る通りですね。
今回は画面遷移時の受注情報の配列の中身の事なので、
ＤＢからの読み込みだ時の順序は、今回とは関係ないですね。

本件はそう単純には修正できないんですね、
「注文内容を管理するという」実運用において使用頻度が多い所なだけに
実に困りました。
商品の変更は直接行わず、
幸い現状問題の出ていない「追加」と「削除」を組合せて使用し
運用回避して当面は凌ぐしかなさそうですね。
（運用回避が出来るので、まだ良しとすべきなのでしょうね。）

ec-cubeをベースに本格的に商用運用されている方は、多々おられると思いますが
このLC_Page_Admin_Order_Edit.phpの処理には皆様は困っていないのものなのでしょうか？
これまでにも
・商品が消せなかったり、
・税率が繁栄されていなかったり
などなど多々致命的な問題がありましたが、もっと大々的に問題となっても良いものだと
思うのですが、今一問題の重要度が低いような気がします。
それとも多くの運用者にとっては、独自カスタマイズ等で該当処理を修正して運用して
おられるので、それほど問題ではないものなのでしょうか。

当方にとっては、LC_Page_Admin_Order_Edit.php 内での処理は、よく致命的な
不具合が見つかりますが、私自身のスキル的には複雑すぎて中々手の付けられない
ブラックボックスで非常に困っております。