apache(他のWEBサーバでも同じ動作だと思います。)にてaliasの設定をすると、
設定次第では（ほとんどの場合でしょうが）リダイレクトが上手く行かなくなるようです。

例えば

アプリケーションの配置が
/home/user/eccube2/
/home/user/eccube2/html/
/home/user/eccube2/data/
上記のような場合。

(長くなるのでAlias部分のみ記述します）
Alias /hogehoge/ "/home/user/eccube2/html/"
(http://hostname/hogehoge/)でアクセスするように
上記のようにAlias設定をすると、
管理側ログイン認証後管理側トップページにリダイレクトしません。
(認証自体は成功してるので直に/admin/home.phpにアクセスすると遷移する。)

尚、/install/index.phpにて設定をする際、
下記の項目は最初から表示されている情報で登録しております。

■WEBサーバの設定
HTMLパス※ /home/user/eccube2/html/
URL(通常)※ http://hostname/hogehoge/
URL(セキュア)※ http://hostname/hogehoge/