これだけでは、修正不十分なようです。

規格なしの商品があるお届け先に、規格ありの商品を追加すると、
$arrShipmentProducts['shipment_classcategory_name1'][$select_shipping_id][]
での挿入位置がずれるようです。

追記：
対策は不明ですが、
事前に登録された商品が、規格なしだけであった場合、規格ありの商品を追加すると、
規格の配列の先頭になり、規格の表示位置（お届け先情報内）がずれます。
例）
おなべ（規格なし）
おなべ２（規格なし）
ここで、アイスクリーム（規格あり）を追加する。
この規格が、おなべの規格として表示されます。