皆様のアドバイスもあり解決しました。

POINTプラグインのマニュアルには移行方法として以下の記載があります。
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9.3 移行方法
具体的な移行方法を以下に示します。
EC-CUBE 2 と EC-CUBE 3 のポイントにおけるテーブルの比較です。
[ EC-CUBE2 ]
1. 対象テーブル : dtb_customer ( 会員情報テーブル )
抽出対象カラム : point ( 会員保有ポイント )
[ EC-CUBE3 ]
1. 対象テーブル : plg_point_customer ( 会員保有ポイント管理テーブル )
登録対象カラム : customer_id ( 会員情報テーブル主キー )
登録対象カラム : plg_point_current ( 会員保有ポイント )
EC-CUBE2 のテーブル:dtb_customer の point カラムのレコードを、EC-CUBE3 のテーブ
ル plg_point_customer の plg_point_current に登録してください。
EC-CUBE3 の「dtb_customer」と「plg_point_customer」の「customer_id」がリレー
ションとなっています。

その記載に則りplg_point_customerにのみ移行データを作成していましたが、plg_pointとplg_point_snapshotにも管理画面で手動でポイント設定をした時と同じ形式でレコードを発生させる事でECCUBE2からのポイント移行後の購買でもポイントの増減が正しく計算されるようになりました。

ECCUBE2からのポイント移行の方はご注意ください。