こちらのスレッドに以下のコメントをしていたのですが、まだでしたあらぜひお試しください。
何も出ないかも知れませんが...
> 500エラーだとindex_dev.phpを使っても何も情報でませんか？
> ※index_dev.phpについてご存知なければこちらを参照してください。
> 　http://doc.ec-cube.net/guideline_tips

問題解決の手掛かりになる情報が出力されますので、この先もシステムエラーなどが起きるようなケースに
役立つと思います。この情報があるだけで格段にコメントを貰いやすくなりますので。


それから、ini_setのそれは、php_value memory_limit と同じなのですが、2系でini_setを設定した際は
.htaccessにphp_value memory_limitを設定したけどそれがダメでini_setだと上手くいったということ
でしょうか？
そうなると.htaccessに書いてもダメなのかも知れませんが、どうだったでしょうか？

ちなみに、512Mに変更した場合と既定値(128M)では、登録できる件数に違いはあったんでしたっけ？
この確認はCSVダウンロードでも良いのですが、メモリを増やすと件数が増えるのならメモリの可能性が高いです。