教えてくれませんでしたか...
ところでWADAXではEC-CUBE3系の利用も可能だと謳っていますか？
そうだとすると文句のつけようはあるかも知れません。
逆に、EC-CUBE2系しか動作保障していないよと言われると厳しいですね。
もっとメモリを使えるサーバーかEC-CUBE3対応を謳っているサーバーに変更するしかなさそうです。

ただ、CSVのレコード数に応じてメモリ使用量が増えるようなロジックだとするとEC-CUBE側にも問題はあると思います。
3.1α2をダウンロードしてみましたが、同じロジックでした。
3.0系もまだリリースされるとは思うので、検証と修正をしてもらえないか以下から登録してはいかがでしょうか？
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues