確認されたディレクトリはどのようなものでしょうか？
ECCUBE3は、アドレスと同じ場所にディレクトリが存在するものではないので、元々無かったのではないでしょうか？

例えば、管理画面のアドレスがhttps://***.com/admintest/の場合、
admintestというディレクトリはサーバ上にはありません。

ECCUBEのトップページや商品一覧などフロント側のページは、正常に表示されているのでしょうか？

FTPでサーバ上ののファイルが確認できるのであれば、
ECCUBEがインストールされたディレクトリ/app/config/eccube/path.yml 3行目に
admin_dir: admintest/ # admin_route
のように管理画面のパスが記述されていると思いますので
一度、確認されてみては如何でしょうか？

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株式会社シロハチ
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