LC_Page_Shopping_PaymentのlfCheckErrorでポイントのチェックをやっている所があるので、その部分で送料を含めた金額を算出してそれで使用するポイントのチェックを行えばできたはずです。
ただ、弊害があってもし支払い方法でクレジットとかを選択した場合色々めんどくさい事が起こるので、支払い方法で「全額ポイント払い」とかを作ったうえで、使用金額を0～0円に設定して、ポイントを差し引いた金額が0円になる場合は支払い方法を強制的に「全額ポイント払い」に変更する処理を入れた方がいいかと思います。