私も皆さん同様悩んでおりました。

ECCUBEのリリースノートに
下記の内容がありました。

[2.1.1β版]情報なので
的外れな情報かも知れませんが･･･

*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*
[2.1.1β版]
・共有SSLに対応
別ドメインでもセッションを維持したい場合は、
管理画面＞基本情報＞パラメータ管理で
「SESSION_KEEP_METHOD」を"useRequest"に変更し、
html/.htaccessで
php_flag session.use_trans_sid 1
を設定してください。
*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*-*

現段階、私自身ド素人な為
試すのに大変な時間がかかります。

詳しい方はぜひ試してみてください。
成功を祈ります！