直接の原因か分かりませんが、コンテンツ管理＞キャッシュクリアは正常に動作しますか？
3.0.15はtwigのキャッシュが溜まり続ける不具合があり、
サーバによっては、キャッシュが溜まり過ぎると、キャッシュクリア時にメモリエラーが発生するようになる事があります。
プラグインの状態変更時にも、キャッシュクリアが実行されていたと思います。

私も以前、キャッシュクリア時のメモリオーバーエラーが原因で、
プラグインの変更が何もできなくなった事がありました。
たまたまSSHでコマンドが実行できるサーバでしたので、
/app/cache/twig以下のファイルを全て削除して対応しました。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog