色々問い合わせてみたところ、商品詳細画面や商品一覧画面だけでなく、商品規格登録画面・カート画面・複数配送先選択画面・注文確認画面で表示を上書いていることが原因のようです。

プラグインの優先度を変えてみても状況が変わらないので、カスタムしないと状況は良くならないようです。

もし同様の事象が起きていて、対応が上手くいった方がいらっしゃったら対策を教えて頂ければと思います。