先日、ECCUBE3.0.15でサイトを構築した際、ペイジェント決済とポイントプラグインを導入しましたが、
特にポイント周りでは問題無く動作していたと思います。
（導入前にペイジェントのサポートに確認した記憶があります）

1点確認ですが、ポイント付与のタイミングに問題はありませんか？
設定＞基本情報設定＞ポイント設定でポイント確定タイミングという設定項目がありますが、
「新規受付」になっていないでしょうか？

ペイジェント決済の場合、
受注データのステータスは、以下の状態で流れており、
新規受付の状態が存在しないのではないかと思います。

「購入処理中」(カートの中)
↓
「決済処理中」(クレジットカード入力画面)
↓
「入金済」(注文完了)

納品したサイトは、発送済みの状態でポイントを確定する運用ルールとなっています。

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株式会社シロハチ
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