> 多分、php.iniではMySQLの設定は変更できないのではないかと思います。
ありがとうございます。

現在以下のようになっております。
・カテゴリー件数：8件
・使用プラグイン：2件（有効化済）
　- カテゴリID表示プラグイン
　- 新着商品ブロックプラグイン


・商品一覧には特にカスタマイズはしていないのですが、
下記サイトを参考に商品の登録・表示項目を6項目程度増やしています。
https://umebius.com/eccube/insert-column-into-dtb_product_table/

・カテゴリー毎の商品件数の表示につきましては、特にカスタマイズはしておりません。

・先程試してみたのは、dtb_productの内容を空にしてみましたが、カテゴリーページはシステムエラーのままでした。

・記載漏れだったのですが、下記サイトを参考に url から html を無くすということをしています。
http://doc.ec-cube.net/quickstart_remove-html

・商品詳細ページは正常に表示されています。