CSSの非表示で要件が満たせるのであれば、特にSQLFilterを利用する必要は無いかと思います。

ただ、DBから抽出された結果をCSSで表示/非表示を判定した場合(twig上での判定になるかと思います)
例えば、以下のような商品が登録されていると仮定して、
お皿A カテゴリ一般
お皿B カテゴリ一般
お皿C カテゴリチームA
お皿D カテゴリチームA
お皿E カテゴリチームB
お皿F カテゴリ一般
お皿G カテゴリ一般
お皿H カテゴリ一般
お皿I カテゴリチームA
お皿J カテゴリチームB

一般の方が商品一覧画面で1ページ5件表示 検索キーワード「皿」の条件で商品を表示した場合、
1ページ目には、
お皿A カテゴリ一般
お皿B カテゴリ一般

2ページ目には、
お皿F カテゴリ一般
お皿G カテゴリ一般
お皿H カテゴリ一般

と、ページ単位で表示される商品件数が揃わない商品一覧ページになるかと思います。

paginatorという仕組みの関係で
DBから取り出すデータが、
1ページ目は
お皿A カテゴリ一般
お皿B カテゴリ一般
お皿C カテゴリチームA
お皿D カテゴリチームA
お皿E カテゴリチームB

2ページ目は
お皿F カテゴリ一般
お皿G カテゴリ一般
お皿H カテゴリ一般
お皿I カテゴリチームA
お皿J カテゴリチームB

になるかと思います。
商品点数が少なく、ページャーを利用する必要が無いのであれば、
CSSでの表示切替で問題無いかと思いますが、
HTMLソースを直接参照されて、URLに直アクセスされた場合、
どうするのかといった検討も必要かと思います。
商品詳細ページ自体もCSSで非表示とする事は可能ですが、
基本、CSSはブラウザのデベロッパーツールで自由に変更できますので、
サーバ側（PHP等）での制約をしっかりと制御しておかないと
一般の方でも注文出来てしまうという事が起こりうると思います。
　

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog