そうですね、現環境で試されるのもやむなしという場合もあると思いますが、DBのバックアップはぜひ頻繁に取られてください。

>ちなみにphpmyadminからorderテーブルを触って、
>直接注文情報を削除することでなにか問題は発生しますでしょうか。

外部キー制約があるので関連するデータを消さなければなりません。(プラグインが関連データを持っていれば、そちらも)
あとは会員の購入金額や購入回数が自動で更新されないなどありますが、そこまで大きな問題ではないと思います。
丁寧に削除していけば確かにphpmyadminで受注削除は可能です。


ただやはりリスクがあるのでぜひバックアップをお願いします。
本来はエックスサーバーの最初に付与されるドメインで、テストサイト作るなどの方がよいかとは思います。