ありがとうございます。
バージョンは4.0.2でした。
4.0.2のようにファイルサーバから再度アップしてからスーパーリロードしても反映されないです。
サーバー上に防止のファビコンファイルはないのに、今までそのサイトを開いたことのない新しいパソコンでも防止が出てきてしまうのは、どこから引っ張ってきているのでしょうか。。。不思議です。