回答頂き、ありがとうございます。

＞SQLによるデータベースの操作は便利なのですが、
＞データの関連性を管理するデータに一つでも誤りがあるとエラー発生するようになります。

今回行おうと考えたのは、
EC-CUBE３のデータベースの中の「dtb_product_category」テーブル（のみ）の操作で
例えばcategory_idが「6」で登録されている対象のproduct_idを「dtb_product_category」テーブルから削除（delete）し、
新たにproduct_idが「33」または「88」の商品id（product_id）をcategory_id「6」でinsertしようと考えていました。

sqlでの更新は日頃行っておりますので技術的な不安はございません。
ただ、上記の様に「dtb_product_categoryテーブルを操作したとき」の管理機能やフロント表示への影響を知りたいのですが
そのドキュメントや情報が分からなかったので質問をさせて頂きました。

今回のような「dtb_product_category」テーブルを操作する際の注意事項や
表示への影響はどの程度なのか把握した上で、実行したいと考えておりまして
参考情報がありましたらご教示頂けますと幸いでございます。

よろしくお願い致します。