SQLは普段から操作されているという事であれば問題無いかと思います。

>ただ、上記の様に「dtb_product_categoryテーブルを操作したとき」の管理機能やフロント表示への影響を知りたいのですが
>そのドキュメントや情報が分からなかったので質問をさせて頂きました。

dtb_product_categoryテーブルのレコードを変更した時に
ECCUBE上で何か変わるのか知りたいという事でしょうか？
商品とカテゴリの紐付が変更となる為、影響する箇所は多いと思います。
主に、フロントの商品一覧で表示される結果（商品）と
商品詳細情報の関連カテゴリの表示が変わってくると思います。
金額に関する情報には何も影響を与えないと思います。

dtb_product_categoryテーブルは
product_id
category_id
rank
とカラムは3つだけなので、提示いただいたDELETEとINSERTの操作で問題は無いと思いますが、
product_id, category_idはそれぞれdtb_product.id、dtb_category.idと一致している必要があります。
（テーブルに存在しないIDを格納しないようにする）
rankは商品毎の表示順なので、product_id単位で一意の数値になっていれば問題無いかと思います。
あと、カテゴリが親子関係を持っている場合、
dtb_product_categoryテーブルには親子両方のカテゴリを紐づけておいたほうが良いかと思います。
子カテゴリのみ紐づけておいても、カテゴリ一覧の結果には影響がないのですが、
（親カテゴリ一覧にもちゃんと表示される）
管理画面で商品を登録操作した場合、子カテゴリのみを選択していても親カテゴリまで遡ってまとめて
dtb_product_categoryテーブルに登録される仕様ですので。

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog