{% for Category in Categories %}
{{ _self.tree(Category) }}
{% endfor %}
の部分がどのような挙動か理解されると
何故ループされるのか理解出来ると思います。

forは繰り返しを意味しており、
Categoriesの件数だけendforまでの間の処理を繰り返します。
この場合、第1階層のカテゴリの件数分、１件ずつ順番に繰り返します。
forからendforの間は今、繰り返しの対象となっているカテゴリを
Categoryでアクセス出来るようにします。
上記のソースは、treeマクロを繰り返す事を指示している事になります。
繰り返しが不要で全カテゴリのリンクを手入力されているようですので
上記のfor〜endforを<li>〜</li >に置き換えたらよいのではないでしょうか？
ただ、第2階層以下のカテゴリが表示されなかったり、
管理画面でカテゴリを追加しても、自動的に増えないかと思います。
（提示いただいたソースで既に第2階層は表示されないと思います）

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株式会社シロハチ
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