ご回答ありがとうございます。

1については、弊社で受注した場合に、メーカーさんに
発注をかけているのですが、そこを別システムで行っている為
商品別にメーカー情報や卸値を管理して、EC-CUBEで
一元管理できればと思った次第です。
もちろん、在庫連携ができればいいのですが
メーカーさんが多岐に渡る為、難しいかなと考えております。

2, 3については、それが最終的には考えられる手段ですよね。
入金とかも管理できるといいのですが。
あちこちの管理画面に入って、どの受注の入金かとか確認している感じです。