ご回答ありがとうございます。

開発用サーバーをレンタルして作業を進める
とのことですが、本番運用開始後のサイト更新は、開発用サーバーで新たに更新するサイトを作り、
それを再びアップロードして上書き更新させるのだと思いますが、
その際、変更を加えた箇所（例えばTOPページならTOPページ）のみに対応するファイルがそれぞれ存在し、
そのファイルをアップロードして上書きする形で行うのでしょうか？