@ kazumi さん、ご返信ありがとうございます。

現在わかっていることは以下です。

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・代引きでは本件は発生しません。
・他社プラグインを用いてAmazonPay決済(https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1603)
を導入していますが、
AmazonPayでも本件が発生します。
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クーポン入力後からsubmitするまでの間のどこかで
Sessionに入っているトークンを消しているのかもしれないと思い、
現在調査を続けております。

本件に関しまして、何か情報等ございましたらご展開いただけると幸いです。

以上です。
よろしくお願いいたします。