nyorai様、返答ありがとうございます。
確認したところ、cronには20分ごとにメール送信する処理はありませんでした。


連携するシステムに再確認したところ、メール受信設定が20分置きになってました。
そのため、リアルタイムで受信に変更したのですが、
spool送信の影響なのか、送信されるメールの順番が固定されていません。
※管理画面から受注登録の変更時、バックオフィスにその注文を一旦キャンセルするメール送信　→ 新規登録メール送信という処理によって、注文内容の変更をしています。(注文IDを変更しないため）

EC-CUBE４のメール送信spool設定をrealtimeに変更する方法は存在するのでしょうか？