ヒントありがとうございます。
個数を掛けたいのは都道府県送料だったので，
131-134行目の処理の後に，

// 都道府県送料 * 個数
foreach ($Shipping->getOrderItems() as $item) {
$DeliveryFeeTotal = $DeliveryFee->getFee() * $item->getQuantity();
}

と追加したうえで，

->setPrice($DeliveryFeeTotal + $deliveryFeeProduct)
->setQuantity(1)

としてうまく計算されるようになりました！