商品の表示までを各ドメインサイトで行い、
会員管理やカート以降のフローを1つのECCUBEで処理させる事で実現は可能かと思います。

その方法のデメリットは、商品管理が煩雑になる事（商品マスタや在庫データを一元管理しようと思うとそれなりのカスタマイズが必要）と
カート以降のドメイン（URL）が変わってしまい、ユーザーが正しい認識を持っていないと怪しいサイトと勘違いして購入を止めてしまう事でしょうか？
（サブドメインならさほど影響はでないと思いますが）

あと、各サイトに会員情報（ようこそ○○さんや保有ポイント）を表示させるのもカスタマイズが必要になってくるかと思います。

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株式会社シロハチ
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