そのメッセージはポイント利用数の設定後、ポイント利用数がマイナスになる時にplg_point_abuseにそのことが記録され、管理画面にアクセスした時に表示されるものだったと思います。

適当な箇条書きで申し訳ございませんが私なら次のようなことをします。

・注文完了時に保有ポイントのマイナスチェックを行なっている箇所でログを保存するようにする

・２回走っているとすると、大元となるコントローラの処理が２回走っているのか、それともポイント処理だけが２回走っているのか確認

・注文確認画面で干渉しそうな他のプラグインは存在しないか？

なお、ボタンを2回押した可能性も十分あるように思います。