ポイント利用の入力画面からご注文内容の確認画面に戻ってきた時のOrderを利用できるようにするというのは、
FgAmazonPayController function index()内で
$cartService = $app['eccube.service.cart'];
$cartService->lock();
させないようにする事が必要という認識で良いでしょうか？

度々申し訳ありません。

こちらでも色々と試し、改修が完了しましたら改めてこちらで報告いたします。