実際に2つのプラグインを組み合わせて確認したわけではないので
解決できるかどうか分かりませんが
多分、同じイベントフックに対するプラグインの実行順が関係しているのではないかと思います。

AmazonPayプラグインが先に実行されて出力前のtwigが書き換えられた為、
帳票出力プラグインが帳票出力リンクを書き出す場所がズレてしまったのではないかと思います。

管理画面＞オーナーズストア＞プラグイン＞高度な設定画面で
イベントフック毎の実行順（優先度）を変更する機能がありますので
ここでAmazonPayプラグインと帳票出力プラグインの実行順を変更すれば「帳票出力リンク」の位置は正常に表示されたのではないかと思います。

デフォルトはプラグインをインストールした順番で優先度が決まっているかと思いますので
この現象が発生する人と発生しない人が存在するのではないかと思います。

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株式会社シロハチ
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